微生物发酵即是指利用微生物，在适宜的条件下，将原料经过特定的代谢途径转化为人类所需要的产物的过程。微生物发酵生产水平主要取决于菌种本身的遗传特性和培养条件。

肥料是农业生产不可或缺的主要生产资料之一，传统的有机肥多来自单一粪便及绿肥植物等材料，长期以来，有机肥一直是以农户为单位分散制备，方法简单、处理水平低、肥料养分浓度低、体积大、质量不稳定、施用不方便，无法适应现代农业发展要求，我国现有耕地20亿亩，年需化肥1.5亿吨，是很大的化肥进口国和氮肥生产国，农业生产已离不开化肥的投入，但化肥长期大量、不合理的施用，也出现了土壤有机质含量降低，化学残留加剧，物理机构恶化、土壤板结严重，盐碱化程度加剧，综合肥力退化，有益微生物菌群遭受破坏等一系列的问题，对农业的可持续发展产生严重的制约，而随着有机食品、的市场需求的增长，生产推广有机肥料，发展有机肥料已成为必然趋势。

发酵工程的应用范围工业，食品工业，能源工业，化学工业，农业：改造植物基因；生物固氮；工程杀虫菌生物农药；微生物养料。环境保护等方面。

工厂化生产，取决于你需要生产的品种。通用的仪器一般有冰箱，灭菌锅，、三角瓶和摇床，无菌操作间，离心机，压滤机，小发酵罐（种子罐），大型发酵罐+蒸汽管道等等。
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