微生物发酵即是指利用微生物，在适宜的条件下，将原料经过特定的代谢途径转化为人类所需要的产物的过程。微生物发酵生产水平主要取决于菌种本身的遗传特性和培养条件。

有机肥料在日常生活中是很常见的，有机肥料可以改良土壤结构和土壤微生态系统，同时还能修复土壤，发展有机农业、绿色农业，实现上述功能的根本措施是使用有机肥料。目前，利用粪便制作的有机肥料往往是对粪便进行简单的搅拌晾晒或堆积，同时粪尿中的含有较多的淤泥、氮和磷，这样粪便产生的臭气和有害病菌容易对环境造成二次污染，给人们的生活带来了不便。

肥料是农业生产不可或缺的主要生产资料之一，传统的有机肥多来自单一粪便及绿肥植物等材料，长期以来，有机肥一直是以农户为单位分散制备，方法简单、处理水平低、肥料养分浓度低、体积大、质量不稳定、施用不方便，无法适应现代农业发展要求，我国现有耕地20亿亩，年需化肥1.5亿吨，是很大的化肥进口国和氮肥生产国，农业生产已离不开化肥的投入，但化肥长期大量、不合理的施用，也出现了土壤有机质含量降低，化学残留加剧，物理机构恶化、土壤板结严重，盐碱化程度加剧，综合肥力退化，有益微生物菌群遭受破坏等一系列的问题，对农业的可持续发展产生严重的制约，而随着有机食品、的市场需求的增长，生产推广有机肥料，发展有机肥料已成为必然趋势。

养殖场 (例如：养鸡业、养猪业等)所产生的大量畜禽排泄物含有大量有机质(例如：氮、磷等)，如果不经妥善处理而直接利用或排放，势必对环境生态造成严重破坏。而农民现在也面临农作物秸秆不知如何环保有效的处理，为了方便起见，甚至会进行焚烧造成空气污染。不论是动物粪便的随意排放还是秸秆的焚烧处理，不仅是对环境的污染和破坏也是对资源的一种浪费。现在也有一些动物粪便和农作物秸秆的再利用处理，概括起来沼气、再生有机肥、再生饲料这几个方便，并且其相关的技术也在不断的发展。但是将动物粪便和秸秆生产有机肥的现有技术中，存在过程复杂、投资成本高、回收率低等问题，还需要不断进行工艺和装备创新，实现堆肥发酵工艺、技术和设备上的不断完善。
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