发酵工程的应用范围工业，食品工业，能源工业，化学工业，农业：改造植物基因；生物固氮；工程杀虫菌生物农药；微生物养料。环境保护等方面。

工厂化生产，取决于你需要生产的品种。通用的仪器一般有冰箱，灭菌锅，、三角瓶和摇床，无菌操作间，离心机，压滤机，小发酵罐（种子罐），大型发酵罐+蒸汽管道等等。

养殖场 (例如：养鸡业、养猪业等)所产生的大量畜禽排泄物含有大量有机质(例如：氮、磷等)，如果不经妥善处理而直接利用或排放，势必对环境生态造成严重破坏。而农民现在也面临农作物秸秆不知如何环保有效的处理，为了方便起见，甚至会进行焚烧造成空气污染。不论是动物粪便的随意排放还是秸秆的焚烧处理，不仅是对环境的污染和破坏也是对资源的一种浪费。现在也有一些动物粪便和农作物秸秆的再利用处理，概括起来沼气、再生有机肥、再生饲料这几个方便，并且其相关的技术也在不断的发展。但是将动物粪便和秸秆生产有机肥的现有技术中，存在过程复杂、投资成本高、回收率低等问题，还需要不断进行工艺和装备创新，实现堆肥发酵工艺、技术和设备上的不断完善。

近年来，畜禽粪便等有机固体废弃物造成了沉重的环境压力，一方面畜禽粪便进入水体的流失率高达25～30％，氮、磷流失量和COD排放总量已经超过了化肥，另一方面因有机质减少和过度施用化肥而导致的土壤板结现象日益严重。研制实用的堆肥处理设备有利于促进固体废弃物的资源化利用，利用机械设备对物料进行动态好氧连续发酵，能有效地加速发酵腐熟，既可提高处理效率，又能增加堆肥品质，是推进有机固体废弃物处理和利用过程中的关键一环。
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