养殖场 (例如：养鸡业、养猪业等)所产生的大量畜禽排泄物含有大量有机质(例如：氮、磷等)，如果不经妥善处理而直接利用或排放，势必对环境生态造成严重破坏。而农民现在也面临农作物秸秆不知如何环保有效的处理，为了方便起见，甚至会进行焚烧造成空气污染。不论是动物粪便的随意排放还是秸秆的焚烧处理，不仅是对环境的污染和破坏也是对资源的一种浪费。现在也有一些动物粪便和农作物秸秆的再利用处理，概括起来沼气、再生有机肥、再生饲料这几个方便，并且其相关的技术也在不断的发展。但是将动物粪便和秸秆生产有机肥的现有技术中，存在过程复杂、投资成本高、回收率低等问题，还需要不断进行工艺和装备创新，实现堆肥发酵工艺、技术和设备上的不断完善。

微生物发酵即是指利用微生物，在适宜的条件下，将原料经过特定的代谢途径转化为人类所需要的产物的过程。微生物发酵生产水平主要取决于菌种本身的遗传特性和培养条件。

发酵工程的应用范围工业，食品工业，能源工业，化学工业，农业：改造植物基因；生物固氮；工程杀虫菌生物农药；微生物养料。环境保护等方面。

工厂化生产，取决于你需要生产的品种。通用的仪器一般有冰箱，灭菌锅，、三角瓶和摇床，无菌操作间，离心机，压滤机，小发酵罐（种子罐），大型发酵罐+蒸汽管道等等。
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